南京钢铁股份有限公司(以下简称“公司”)由南京钢铁集团有限公司（以下简称南钢集团）部分改制设立。
1999年3月18日，经江苏省人民政府苏政复（1999）23号文批准，南钢集团公司作为主要发起人，联合中国第二十冶金建设公司、中冶集团北京钢铁设计研究总院（原冶金工业部北京钢铁设计研究总院）、中国冶金进出口公司江苏公司、江苏冶金物资供销有限公司（原江苏冶金物资供销公司）等四家企业共同发起设立南京钢铁股份有限公司。公司总股本设立时为30,000万股。
2000年8月22日，经中国证监会证监发行字[2000]112号文核准，公司向社会首次公开发行股票，并于2000年9月19日在上交所挂牌交易。首次公开发行后，公司总股本为42,000万股。
经公司2000年年度股东大会决议批准，公司以2000年末的总股本42,000万股为基数，按每10股送红股2股并派发现金1.00元（含税）的比例进行利润分配，共计分配红股8,400万股，派发现金4,200万元。上述分配完成后，公司总股本为50,400万股。
2003年，南钢集团公司以其所持有的南钢股份70.95%国有股股权，与复星集团公司、复星产业投资和上海广信科技发展有限公司共同投资组建南钢联合，并于2003年7月25日完成股权过户手续，股权过户后，公司控股股东由南钢集团公司变更为南钢联合。